Ejecutar aplicacion en C con opengl y GLut desde Java

Buenas, pues tengo un programa compilado en c y quiero lanzarlo desde Java, vale hago lo de Runtime.getRuntimenoseque.exec("programa"); pero no sale nada, claro, según he leido es porque redirige la salida, peeeeeeeeeeero mi programa abre su propia ventana y empieza a dibujar cosillas (GLUT y openGL), se puede hacer que salga bien?

es para crear una GUI de forma rapida que lo lance con determinadas opciones.
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