Nooooo el premiere no admite flash ni cosas raras, lo que tienes que hacer es exportarlo en formato .avi si es que te deja, sino tendrás que buscarte otro programilla.
Una vez exportado lo abres en una de las lineas de tiempo del premiere, la que te marca como video 2 pinchas en algun frame de dicha linea con el boton derecho y te vasa :opciones de video ---> tranasparencia .
Aqui eliges el color que quieres que sea tranasparente y el texto se qeudara encima de la pelicula que haya en video 1
Saludos....
Acabo de acordarme de l nombre de un programa que te hace los textos animados como tu quieres con unos pocos clicks se llama asimetrix 3dfx o parecido, es un poco aniguo pero hace cosas bastante interesantes.