Lo que tienes que hacer es una vez metido el CD de mandrake, elegir el particionamiento personalizado, ahi te saldrá como tienes las particiones.
Lo que debes hacer ya que quieres substituir Win98 por Linux, no es formatear la C, si no que además debes eliminarla y crear una particion ext3.
Para instalar linux correctamente tienes que:
Crear una particion raiz, es decir "/" (le das a punto de montaje y escribes "/" (sin comillas claro) ) otra con el doble de tu memoria ram para swap, aunque si tienes a partir de 512 ya no es necesario que sea el doble, eso segun tu gusto y tus posibilidades.
Y luego puedes hacer una particion para el /home, no es obligatoria pero a mi al menos si me gusta porque asi puedo cambiar de distro sin riesgo a perder datos
Si tienes más dudas postea
Edito porque no puedo mandar otro mensaje
Oye pos no habia caido que el sistema de arranque de win estaba en c... pero, eso en teoria deberia dar igual, eliminas el arranque de windows y pones el lilo de linux que es mas gonito.
Se supone que para que arranque win desde el lilo hay que poner /dev/hda1 (2, 3, 4, donde tengas windows) y ya esta... es decir que yo creo que no tiene porque pasar nada.
Salu2