Por mi experiencia vivida te comento.
Tienes un perfil en la consola A y lo recuperas en consola B para jugar, hasta este punto ningún problema.
Cuando vuelvas a jugar en la consola A asegurate de recuperar nuevamente el perfil antes de jugar o conseguir ningún logro, de lo contrario, cuando intentases recuperar perfil te daría error por modificación de perfil y perderías los logros conseguidos mientras no recuperaste el perfil en la consola A.
Quizás te he liado un poco pero siguiendo la norma de primero recuperas perfil y luego juegas no tendrás ningún problema.
Aqui uno que por hacerlo mal, perdió los logros del Fallout3.