Ciertamente, no tiene ningún sentido lo que dices.
El unico motivo por el cual la gente hace una partición en un disco duro para el SO, es para poder formatear el mismo en caso necesario sin tener que hacer ningun backup del resto de datos, que te encargas de tenerlos en otra particion.
Pero fuera de eso, no consigues nada particionando para lo que quieres. Ten en cuenta, que el disco sigue siendo el mismo, particionar es simplemente sacar mas de una unidad lógica a partir de una física, pero es como hacer varias carpetas dentro de un disco duro.. Su efecto en el rendimiento es nulo, ya que estas accediendo al mismo disco duro.
Así que, haz una partición para el SO, por lo comentado sobre la comodidad de poder formatear dicha partición cuando quieras para una reinstalacion rápida, y el resto déjalo en una única partición, donde harás "Vida".
Si quieres obtener algún beneficio en el rendimiento, te toca de tirar de múltiples discos duros, y si te preocupa especialmente, montarte una Raid 0 en condiciones, o un SSD.
Pero, particionar por particionar.. es tontería, solo te estas limitando a ti mismo, al ponerte limites de capacidad innecesarios creando particiones
