Sí, se basan en la misma tecnología; pero lo que importa es el controlador: tanto en una memoria USB como en una tarjeta SD, por muy rápidos que sean, no llegan a la tasa de transferencia de un SSD (SATA); ésto también incluye la capacidad de leer y escribir varios archivos a la vez.
Sabiendo ésto, los chips que componen unos y otros tienen un rendimiento diferente.
¿Es posible usar una SD o una memoria USB como unidad de disco? Sí, pero apostaría que incluso un disco duro ATA-6 les daría un buen repaso.