El problema real es que el disco multimedia sea capaz o no de reproducir MKV y otros formatos. Si no los reconoce, poco puedes hacer para usarlo. A día de hoy muy pocos reproductores son capaces de reproducir MKV a fullHD, por ejemplo el PopCorn Hour, que es una BESTIA de reproductor, pero es caro (eso si... es la leche condensada)
La mayor calidad la tendrás obviamente por una salida digital a una entrada digital, ya sea HDMI, DVI o similar
La diferencia entre HD Ready y Full Hd es que la primera usa 720 puntos, y la segunda 1080. Y si... hay cosas ya en Full Hd, ya sea en "descarga" ya sea originales en Bluray, aunque eso si, casi todo Japón o USA y en el primer caso está el tema de que tengan subtítulos, que no ocurre siempre
En cuanto a lo del "formato recomendado" no lo acabo de entender... si te refieres al formato, el uso del MKV es casi unanime entre los fansubs, aunque MKV es en realidad un contenedor de varios formatos, donde el vídeo se está comprimiendo últimamente en H264, y audio en Mp3, Oog, o lo que se tercie y los subtitulos al gusto
