depende de la configuracion de la bios. En principio no importa demasiado, en la bios tienes opciones de cada FAN (los diversos chasis fan y el cpu fan) y puede poner que se regule automaticamente o bien manualmente.
SI tienes cpu fan 1 y cpu fan 2 mete los dos conectores allí. Sinó uno en cpu y el otro donde puedas xD.
En todo caso comprueva temperaturas y rpm del ventilador no sea que tengas que modificar los valores de la bios para que dé mas voltaje, o al contrario, relajarlo para evitar ruido.