Por lo general, para montar un RAID-1 lo suyo es que los discos sean iguales, aunque en algunos sistemas RAID permite utilizar discos de distinto tamaño. Eso si, el tamaño quedará ajustado al del disco más pequeño, esto es, que si pones un disco de 1,5TB y otro de 1TB, el RAID-1 será de 1TB.
Cuando uno de los discos falla, tras sustituirlo el sistema debe reconstruir la información perdida, o lo que es lo mismo, tiene que volver a copiar la información del disco sano en el nuevo disco vacío. Por lo general suele ser automático, aunque en algunas controladoras hay que decirle que "resincronice" los datos, bien sea a través de la BIOS o a través del software de la propia controladora. Por otra parte, bajo Windows puedes crear lo que se llama volúmen reflejado, que es lo mismo que un RAID-1 sólo que en este caso se hace por software, y es windows el que se encarga de resincronizar la información en caso de fallo/error.
En cuanto a lo de instalar windows en un disco aparte, bueno, exactamente así es como lo tengo yo hecho: un disco SSD para sistema, y un volúmen reflejado con dos discos de 2TB para datos. Bajo windows me aparece como un único disco de 2TB, y la información se copia automáticamente en ambos discos (lo he comprobado mediante los led de actividad de los puertos de los discos duros que lleva mi caja)