Desde lo que yo puedo responderte con seguridad:
2 - Debe ser usado para el S.O. porque es el disco más rápido, de modo que para lo que es "el uso del ordenador" es lo que te compensa. En cuanto a las rutas de programas, pues...yo personalmente pondría los programas de más uso o carga pesada (3dsmax por ejemplo), en el SSD. Y los programas que no requieran de tanto, en un mecánico de toda la vida, esto es:
SSD: Sistema + programas de uso frecuente
Mecánico: Programas + Almacén de datos (incluso particionando este último).
3 - Los documentos, en mi opinión los dejaría en el mecánico, aunque tampoco es que un archivo de texto o algunas imágenes ocupen demasiado, pero en cualquier caso será de cómo te veas de limitado con la capacidad del SSD que tengas. Haciendo referencia a Incoming o el utorrent, pues una vez instales el programa (aunque este tipo los instalaría en el mecánico, sin duda), procedería a poner las carpetas en la ruta del mecánico para no saturar el SSD (es de lógica xD).
En cuanto a tu primera pregunta sobre la partición, desconozco si daña de alguna manera (que no creo, vamos ._.) el sistema del SSD, pero para el tamaño que tienen (a menos que te puedas permitir pillar un pedrusco de SSD), no sé yo si te compensa dividirlo. Alguna manera debe de haber para separar los sistemas, o poner el linux en otro. Esto ya lo tendrá que resolver otro compañero xD
Un saludo!
