Podrías hacerle una comprabación al disco, botón derecho sobre él Propiedades -> Herramientas -> Comprobar Ahora. O bien usar un chkdsk que no se si es exactamente lo mismo que la herramienta de comprobación.
De todas formas, si ves o sospechas que te faltan datos, pasale algún programa de recuperación de archivos: Easy Recovery Professional, Easeus Data Recovery, GetDataBack for NTFS, Recuva, etc...
Si estás segura que no falta nada y que todo está en orden, pero lo que falla es la capacidad del disco duro, a unas malas malas malas pues podrías sacar los datos (si no tienes mucho ocupado) y formatear la unidad, aunque mejor dinos que ocurre si haces el paso que te he indicado al comienzo de mi respuesta.
Un saludo y suerte.