Son independientes. Por software regulas conectándolos a la placa, mientras que con el regulador tiene este su propia entrada de energía desde la fuente. Yo te animo a que te olvides de regular por software y te pilles un regulador.
En mi caso tras ver como el equipo casi se achicharra cuando empecé a jugar a GTA 5, me animé a comprar un regulador y un ventilador de los más potentes del mercado para sacar aire de la caja, y puedo decir que es una de las mejores compras que he hecho.