No, si accedes a las demas particiones el virus se copiara tambien a los demas archivos de esas particiones. Tambien si es un viruas de los que se alojan en el sector de arranque del disco duro, cuando formates una particion para instalar windows, el virus nuevamente contaminara windows, asi que todas las particiones en ese disco duro siguen estando en riesgo.
Lo que si ayuda el tener varias particiones, es en el caso de requerir formater para reinstalacion del disco duro, asi puedes usar una de esas particiones opara guardar archivos y datos importantes y poder formatear tranquilamente.
