Mira es así de fácil. La placa se alimenta mediante un conector de 20pins o 24 pins, dependiendo de el modelo de placa. Entonces los fabricantes de fuentes de alimentación hacen las fuentes con el conector de 20 pins + los 4 pins fosforitos, por si tu placa tiene un conector de 24 pins que la puedas conectar a la fuente.
Ahora vamos a por el otro conector de 4 pins que está suelto. Los cables de este conector han de ser 2 amarillos y 2 negros y van conectados a un conector de la placa base que suele estar muy cerca del procesador (solo hay uno así que no tendrás problema).
En resumen si tienes una placa de 24 pins y aparte el conetor de 4 pins, has de conectarlo todo. En cambio si tienes un conector de 20 pins y el de 4 separado, te quedará sin conetar el fosforito que es el que ayuda a completar los 24 pins.
Más fácil no te lo puedo explicar. Un saludo!
PD: Si tu placa es la que he visto por internet tienes un conector de 20 pins y los 4 separados que ahí va conectado el cable de 4 pins (amarillo, amarillo, negro, negro).