Sí que depende de m1 y m2, ya que al haber mayor masa total, se necesita más fuerza para acelerarlos. Pongamos dos ejemplos prácticos.
M1 = M2 = 1g
M3 = 100Kg
En cuanto pongas M3, al momento se te va todo a tomar por saco a una velocidad inimaginable.
M1 = M2 = 100kg
M3 = 1g
10 años después, podrás comprobar que el sistema se ha movido "un poco".
Obviamente, estoy exagerando, pero es para que te hagas una idea.