Los virus no son otra cosa más que programas maliciosos destinados a un sistema operativo en cuestión; no son "entes" que se pasean por el ordenador. Si tienes el Windows XP infectado con un virus en una partición y otro Windows (da igual si XP, Vista o 7), sólo infectará el otro sistema operativo Windows si ESPECÍFICAMENTE lo ejecutas desde este segundo.
Por supuesto, como te dice alfonsito18, los programas que funcionan el Windows no funcionan (a priori) en ninguna disto de Linux; y, como te he dicho, los virus son programas de Windows, así que...