Mayormente no tendrás problema, yo tengo todo (launchbox, juegos, emuladores) en una partición, he llegado a formatear Windows y Launchbox funcionó tal cual lo tenía.
Te pueden fallar cosillas como por ejemplo, algún juego de windows que guarde la configuración y las partidas guardadas en el C: (Documentos). O algún emulador puntual, que guarden la configuración en las tripas de windows (/appdata/...), siempre hay alguno.
Desconozco si con el vídeo que dice dagosal, launchbox puede hacer que aunque algo no sea 100% portable pase a serlo. Asegurate de que todos los emuladores que utilizas sean portables y listo.
