¿De qué marca son los discos duros?
Puedes utilizar norton ghost para clonar el disco duro y no tener que instalar todo de nuevo.
También DiscWizard para seagate o MaxBlast 5 para maxtor y además son gratuitos y creados específicamente por el fabricante para sus disco. Con ellos puedes hacer particiones, clonar, copias de seguridad, etc.
Para hacer las particiones y todo lo que quieras hacer, lo mejor es que conectes directamente al ordenador como esclavo.
Por lo de la letra no te preocupes eso es simbólico y no pasa nada, ya que al conectarlo como maestro y disco duro principal te lo toma como unidad C.
Lo de las particiones da igual como lo hagas. Si las haces todas primarias, instala el S.O. al principio del disco.
Puedes hacer la del SO primaria y todas las demás dentro de una partición lógica.
