No tienes el .cue con la informacion de donde empieza y donde termina cada pista? Asi me ha pasado con albumes que vienen como un solo archivo .flac y con el .cue, lo que hago es abrir el .cue con foobar2000 y con ese mismo paso a mp3 cada track por separado, aunque tambien puedes separarlos en flac, despues de todo al recodificarlo de flac a flac no pierdes nada de calidad