bueno en el caso concreto del entrelazado solo deberia darte problemas si le pides que exporte en progresivo,
yo personalmente creo que es un tema de configuracion del propio after, para aprovechar al máximo la capacidad de semejante maquina, (si no me equivoco un mountain 3d) deberías pedirle a after que active el multiproceso de fotograma, y que le digas que aproveche los nucleos, en preferncias lo tienes bastante bien, ademas activando el openGL
ganaras más tiempo, si aun asi funciona lento, revisa el sistema operativo, deberias trabajar sobre windows 7 para sacar partido de los nucleos, aunque adobe no ha optimizado todavia la suit para arquitecturas de 64 bits,.. ¡?¡ en fin espero darte alguna pista,... ya me gustaria a mi tener esa maquina.