Ha perdido todo actualizando a IOS 6.1 desde itunes?
Si llevaba tanto tiempo sin enchufarlo al pc probablemente el itunes al detectarlo te hiciera una sincronización nada mas pincharlo, mira a ver en ajustes del Itunes para localizar las copias de seguridad, te aparecen ordenadas por fechas, asi podrás saber si tiene guardada una copia de seguridad .