Duda anter de formatear uno de los DD...

Hola, tengo 2 discos duros, uno con el sistema operativo y el otro para meter los juegos, programas, etc...
Necesito formatear el del S.O. y volver a reinstalarlo, pero quería saber si una vez formateado y reinstalado el S.O. los juegos y programas que tengo en el otro DD me seguirán funcionando o si tendré que reinstalarlos?
Probablemente tengas que reinstalar la gran mayoría.
En teoria no tendrías que reinstalar nada, ya que el so y los programas van separados, pero la practica es que algo seguramente te de problemas, aunque no todo.
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