Gracias por responderme tan rápido. En la caja de la 3DS lo indica claramente, para menores de seis años no la recomiendan, puede ser perjudicial para la vista.
Este fín de semana me fuí a informar a una tienda GAME y me comentaron que ciertamente, al ser menor de seis años puede producir, entre otros problemas, estrabismo, pero la solución es la que me indicais, desactivar el juego en 3D, controlar los juegos mediante el control parental o dejar jugar al niño un ratico al día en 3D para que no le perjudique la vista.
De todas las maneras me convencieron que lo mejor es comprar la 3DS pues a sus juegos se puede jugar en dos o en tres dimensiones, juegos en dos dimensiones hace bastante no sacan, cada vez van a sacar menos para potenciar los juegos de la 3DS.
Gracias, un saludo.