El hyberfil.sys es el contenido de la ram cuando mandas al PC a hibernar (eso se suele hacer sobre todo el portátiles). El pagefile.sys es el archivo de intercambio de windows, y se usa contínuamente para intercambiar datos entre la memoria y el disco duro (así puedes tener más memoria disponible que la real). Ambos archivos son importantes del sistema operativo, y no debes borrarlos (sobre todo el segundo). No los ves aunque muestres los ocultos porque no son ocultos, sino protegidos del sistema, para que los usuarios inexpertos no puedan borrarlos y estropear dicho sistema (incluso aunque los muestres, el segundo no te dejará borrarlo diciendo que está en uso, y el primero seguramente también).
Así que tranquilo, que es algo normal que estén esos archivos por ahí. [oki]
Para hacer más pequeño el pagefile.sys puedes indicar su tamaño en propiedades de Mi PC -> Avanzadas -> Rendimiento -> Opciones Avanzadas -> Memoria Virtual, pero no te lo recomiendo, ya que si bajas el tamaño pierdes rendimiento del sistema.