Los archivos del registro de Windows están en varios lugares: Hay al menos 4 importantes en C:\Windows\system32\config\ y se llaman system, software, sam, y security. Son archivos sin extensión. En Vista y Seven si no me equivoco hay alguno más, aparte del default. Luego están los user-specific, que están bajo el nombre de ntuser.dat en la carpeta de cada usuario, C:\Users\Usuario\, y son los que luego vemos bajo el árbol HKEY_USERS y HKEY_CURRENT_USER.
Copias del registro puedes encontrar como bien dicen en C:\System Volume Information\, pero suelen ser copias incompletas; solo de algunas claves y algunos valores... aunque puede que tengas suerte y haya algún registro entero. Ahí dentro en realidad lo que tienes son los puntos de restauración de Windows, que cuando se restaura el sistema lo que hace realmente es (en parte) volver a dejar el registro como estaba en un determinado momento, y los valores los lee de ahí.
De todas formas, si en \...\config\ te falta el registro de system, algo muy malo has tenido que hacer, jajaja. Y por supuesto no te vale ningún otro system de otra máquina, porque contiene cosas muy específicas de tu sistema y tu instalación única de Windows, como algunas claves (la syskey, entre ellas), así que mira a ver dónde ha ido a parar... a lo mejor lo puedes localizar como un archivo borrado con alguna herramienta.
Suerte y un saludo.
