Si, Aunque con matices, un disco duro irá mejor cuanto menos fragmentado esté. Es decir cuanto menos recorrido deba realizar la cabeza lectora para buscar los datos.
En definitiva si los datos están escritos más cerca dentro del disco ,irá mejor. Por eso cada X tiempo hay que desfragmentar los discos para que se junten lso datos y noq ueden los huecos vacios de los programas borrados.
Por otro lado, usa el disco intero, tiene más velocidad de transferencia, ya que el USB 2.0 es bastante lento.