Para tener 2 conexiones de red en un mismo pc necesitarás 2 tarjetas de red, cada una de ellas con su propia configuración, esas 2 tarjetas deberían ir a 2 puertos de tu router respectivamente.
ahora el tema está en decidir que conexión utilizará una aplicación u otra, en principio si la aplicación en sí no dispone de algún punto donde configurar esto, no sé yo si será viable.
