Pues a simple vista se diferencan que que el cable de datos es mucho más estrecho y el de alimentacón no es MOLEX sino algo más pequeño. Esto es muy útil a la hora de distribuirlo en la caja, ya que los cables no molestan tanto. En cuanto a velocidad, el tope teórico de los SATA es 150 MB/s (ya salen nuevas revisiones que lo elevan) y los IDE 133 MB/s. Como esos valores no se alcanzan nunca (salvo RAID) la diferencia de velocidad, para el usuario normal, es nula. PEro vamos, si has de comprar uno nuevo y puedes, S-ATA sin duda.
Saludos!