Cualquier programa de edición de sonido que permita cargar mp3 te permitirá hacerlo, uno de los de más renombre es el cool edit 2000, échale un vistazo.
A mi el que mas me gusta es Goldwave, es sencillo de usar y da muy buenos resultados. Puedes descargartelo de EOL, aunque hay versiones mas modernas, con esta te vale.....
http://www.elotrolado.net/download.php?s=&fileid=111 [sonrisa]
1ª-Abres la pista de audio.
2º-Edit>Marker>Set e introduces la duración del trozo a cortar.
3º-Copy to, Introduces el nombre, destino..etc (Guardalo como Wav, aunque dandole caracteristicas de MP3).
Animo..