Si lo tienes vacio, mejor usa el Administrador de discos para eliminar las particiones y crearlas ya en NTFS.
Es lo que hice yo con mi disco duro extraible de 250 GB, que venia en FAT32: La elimine, cree una particion extendida que ocupara todo el disco duro y luego en su interior dos logicas una FAT32 de 32 GB como seguridad y el resto NTFS. Tardo como una hora.
Recuerda que los discos duros son mas rapidos en las primeras particiones que en las ultimas
