Una vez que tengas el ejecutable del programa, lo pones en el directotio raiz de C:, luego en Inico, Ejecutar, escribes CMD, se abrirá la ventana de msdos y a continuación pinchas el ejecutalbe de C:, lo arrastras hasta la ventana de msdos y le das a Enter. Por último, escribe la unidad que quieras formatear de esta manera ¨fat32format x:¨, pulsas Enter y listo.
Un Saludo