Disco duro estropeado?? :(

Os comento, tengo un servidor para el emule que consta de : duron 1400/512ddr/matroxg450/ placa asrock kt 400A y aqui mi dilema; dos discos duros:
40gb seagate barracuda 7200rpm maestro
120gb seagate barracuda 7200rpm esclavo
Ambos NTFS y s.o Windows xp

Bueno la cosa es que ambos discos recien formateados, instalo windows en el de 40gb y pasa lo siguiente, al encender el equipo despues de cargar el cartel de windows me sale el chequeador de windows de disco duro el cual me chequea siempre el disco duro de 120gb, da igual las veces que reinicie.
Probe a desenchufar el de 120gb y me arranco bien windows sin chequear nada.
Luego en el programa del emule tengo el temp (archivos temporales) en el de 40gb y el incoming (carpeta de destino) en el de 120gb y bien la mayoria de los archivos rar me los daña, sobre todo los de mayor tamaño (cosas legales), tambien algunas imagenes mdf / mds resultan dañadas por lo que sospecho que que al pasar del temp al incoming el archivo se daña, estoi en lo cierto?
Teneis idea que puede estar pasando? Ahora mismo estoi pasando el h.d regenerator desde dos.

El hd regenerator me lo puede solucionar?, veo que va a tardar toda la noche
Que puedo hacer?? Si el disco de 120 gb estuviera mal podria influir de algun modo al mal funcionamiento del de 40gb que aparentemente esta bien?
Un saludo
Depende de si estan trabajando en la misma faja IDE o no. Si estan los dos en la misma faja, y el de 120 te esta dando problemas, te va a ralentizar el otro de seguro.

De las dos veces que he probado el hdd regenerator, una no logro reparar ninguno de los sectores dañados, y la otra, aunque me los reparo correctamente, volvieron a aparecer a los pocos dias...

Igual es coincidencia... A ver que resultado te da
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