Pues así sencillo y en 2D que tienes la herramienta huesos con la que puedes hacer lo de las articulaciones es el último Macromedia Flash.
Puedes crear muñecos sencillos y moverlos con los frames.
Saludos.
Edito: creo que he leído mal, lo que quieres es imprimirlos pero con las extremidades recortadas para que se puedan mover?? No hay ningún programa, que yo sepa, que lo haga directamente pero puedes utilizar cualquiera de dibujo: coreldraw, photoshop...e incluso el Paint xD. Simplemente dibujas las extremidades separadas, las imprimes y después en el libro te lo montas de manera que se puedan mover. Existía una cosa cuando yo estudiaba EGB que se utilizaba para encuadernar que permitía hacerlo. No me acuerdo como se llama pero iba con unas arandelas...