Los discos duros estan formados por sectores, y cuando se graba en ellos, no se hace de forma secuencial, se van rellenando los huecos. Cuando el disco duro esta fragmentado quiere decir que los bits de los archivos estan muy desordenados, por decirlo de alguna manera, imaginate un archivo de 10 mb, puede tener 1 al inicio del disco, 5 en el medio, y el resto al final. Si notas que el disco duro va lento, que no carga las cosas rapido, es sintoma que hay que desfragmentar. Windows tiene un programa para ello, dandole a las herramientas del disco en propiedades, aunque yo prefiero el Mydefrag, es de software libre, el mismo programa te indica si el disco esta muy fragmentado o no. NO se debe hacer un defrag en SSDs, y tampoco es bueno desfragmentar con regularidad.