Hombre si haces doble click en el archivo en cuestion, en la lista de downloads, las fuentes en que estado aparecen?
"No needed parts" ?
"Asked for another file" ?
(sorry es que yo lo uso en ingles

)
Si es la primera, y muchas o todas las fuentes salen asi... malo.
Si varias estan en el segundo "status", puedes usar la administracion avanzada de fuentes, y decirle al eMule que si un cliente tiene partes de varios archivos que quieres, tenga prioridad este archivo sobre los otros, asi esas fuentes podrian ser utiles.
Esto en los ultimos eMules ha desaparecido y ahora solo depende de la prioridad del archivo
Creo que a partir de la 0.46c lo cambiaron.
Que version tienes?
P.D.- de todas maneras, esperar simplemente tambien funciona, como decia j0han