Reconstruir el administrador de arranque en el disco duro que tienes ahora, con el disco de instalacion de windows ve al modo de reparacion. El problema sera que quizas el sistema operativo no funcione y te de un mensaje de error o una pantalla azul, ya que al ser un hardware distinto [tarjeta madre, procesador, etc.] suele hacer esto de lanzar errores y no arrancar.