NTFS es mucho menos propenso a la fragmentación de datos que en FAT. Entre otras cosas, se debe a su menor cluster(la unidad mínima de almacenamiento de información(no recuerdo exactamente el tamaño exacto de ambos sistemas de ficheros)) por lo q el desperdicio de espacio en este aspecto es menor(fragmentación interna). Respecto a la fragmentación externa es también menor. La busqueda de elementos en NTFS es menor gracias a su forma de asignación de ficheros.
En conclusión, es necesario defragmentar pero no es esencial como ocurria en FAT(16 o 32) que ya de por si tiene un sistema de asignación más lenta, si encima añadimos fragmentación por eliminación de ficheros y otras causas era imprescindible desfragmentar periodicamente.
Salu2