Más que por el tocho, por dejarlo todo junto ahí...
Si no entiendo mal, tienes en tu ordenador algo como
\nuked klan\ y aquí un montón de directorios.
Y en tu servidor tienes también
\nuked klan\ y el montón de directorios.
Cuando CREO que deberías tener:
\INDEX.PHP y un montón de directorios (vamos, que sin estar todo dentro del directorio nuked klan).
De todos modos, según cómo hayas subido los archivos, también es probable que estén corruptos (me ha pasado varias veces, problemas por eso y tener que resubir y tal).
A ver si con esto hay suerte.