Hola Porry, pienso que tu problema lo causa algun programa que se ejecuta al inicio y que despues al apagar windows no puede cerrarse por alguna razon. Yo normalmente dejo los minimos programas posibles en el inicio, asi a parte de liberar memoria me evito ciertos problemas de este tipo.
Para quitar dichos programas te tienes que ir a Inicio > Ejecutar > msconfig (Windows 98/XP) aqui seleccionas la pestaña inicio y desmarcas los programas que veas inecesarios o instalar algun programa para trastear el registro (Windows 2k), si este ultimo es tu caso... te recomiendo el RegCleaner; Es gratuito, asi que no creo que tengas problemas para encontrarlo.
Un Saludo, y suerte.