Entiendo que lo has conectado al conector de 4 pines. Posiblemente funcione pero siempre lo hará a tope, ya que el 4º pin es el que usan esos conectores para regular la velocidad (en lugar de solamente cambiar el voltaje) y creo que por eso te dará el error, pero mejor si alguien más puede confirmarlo.
Además, comprueba si tu placa tiene otro conector para la CPU de 3 pines. En la mia por ejemplo hay un CPU_FAN_1 de 4 pines y otro CPU_FAN_2 de 3 pines, para conectar el que corresponda.