Con un atom lo mas que conseguiras es poder leer el correo, youtubear un poco, rular algun office y ver pelis, pero no le pidas mucha cosa mas xD (No creas que le haras rular algun juego como si de un ordenador normal se tratase...
De las dos configuraciones la 2ª es la mejor, ya que al menos incorpora la plataforma de Nvidia ION que puede reproducir pelis en HD (con los drives adecuados) que inetgra una GeForce 9400M de 512MB en la placa y un Procesador Intel Atom (doble núcleo) a 1,6GHz
Si lo que quieres es un PC al estilo HTPC o para poner en el salon, no creo que quede muy bien tener una cajota ahi to tocha... a lo que me refiero es que me parece muy bien que pretendas aprovechar los discos duros que ya tienes, pero te quedaria mucho mejor una caja del formato ITX que podiblemente te permitan 2 HDD's SATA de 2,5" (tamaño portatil) y una bahia para lector/grabador en formato SLIM (portatil).... con ello puedes tener un "pepinazo" para el salon que te rulara todo lo minimo que le puedes pedir a un PC, pelis en HD (1080p y 720p -> necesitas una tele que sea High Definition)
Por lo demas.... a ver...
El silencio lo tienes minimamente asegurado, seguramente, de las cajas que haya habra con ventiladores incorporados... todo depende del modo en que pongas el ventilador... si lo metes al maximo de RPM claro que hara algo mas de ruido (como cuando kieras rular algun juego de requerimientos bajos) pero sino, no deberian hacer mucho ruido.
Que no te salga caro es otro punto.... el principal problema de todos estos ordenadores de salon o sobremesa es que es todo muy miniaturizado, cosa que suele salir cara, ademas suelen ser componentes algo mas nuevos que los de un Pc normal (por decirlo de algun modo) y salen mas caros que un componentes del mismo estilo para Sobremesa
Potencia... lo que ya he comentado, no le pidas gran cosa. Sirve para lo basico, pelis y algun jueguecillo muy basico con suerte