A ver, quizá no tenga mucha idea, pero prueba a lo siguiente:
Una vez tienes instalado Windows en dos discos, sean particiones o discos duros diferentes.
Ejecutas el Administrador de Equipos y ahí accesdes al Administrador de Discos, seleccionas el disco que no quieras usar y con el botón derecho, cambiar la letra y rutas de acceso... seleccionas la letra que tenga elegida y quitas dicho acceso.
Lo mismo, pero al contrario, con el otro Windows.
Con ésto no haces que el disco se quede apagado completamente, únicamente eliminas el acceso al disco, digamos que "desmontarías" la unidad, por lo que no tendrías acceso al contenido del otro disco duro o partición. Y, creo, que dicha acción no afecta entre los dos Windows que tengas instalados, es decir, que por quitarlo de un lado el acceso, no te va a no permitir arrancar, pues el arranque se realiza antes de que cargue Windows.
Lo digo un poco desde la ignorancia, porque nunca lo he realizado, pero creo que podría ser una manera viable para hacerlo.