Bueno... lo más sencillo es que dejes los archivos del Boot en la partición A, que a fin de cuentas son 5 nada más y que apenas llegan al MB de tamaño y que dejes al Windows XP arrancar desde la partición B.
Si lo que quieres es eliminar todo rastro del XP de la partición A, lo que te sugiero que hagas es que modifiques el Boot.ini quitando en el archivo la referencia al XP de la partición A y dejándolo sólo en la B. Con esto, puedes fulminar tranquilamente la carpeta Windows y asociadas (Documents and Settings, Archivos de Programa...). Mientras los archivos del boot (boot.ini, bootfont.bin, NTDETECT.COM y ntldr) sigan en la partición A, no tendrás ningún problema.
Si prefieres formatear la partición A, entonces hazlo sin miramientos; el problema vendrá en que, con el formateo, te habrás cepillado los arhivos del boot y ningún windows arrancará. Esto lo podrás solucionar después si metes el CD de Windows XP, inicias la consola de recuperación, seleccionas el Windows en la partición B y ejecutas los comandos fixmbr y fixboot. Con esto creo que el boot también se te instala en la partición B, pero no estoy seguro.
Personalmente, yo me quedaría con la primera opción que te he dicho; la segunda es más arriesgada.
