Si, esos conectores son para los ventiladores, fijate que en el conector pone FAN2, creo que ese suele hacer referencia a los ventiladores del chasis.
Para los ventiladores existen 3 posibles conectores: 2 pines, 3 pines y 4 pines.
Hasta donde yo se el 3º pin es un control por voltaje (aunque no tengo ni idea de como funciona) y el 4º pin es el control pwm (para que la placa/micro ajuste la velocidad del ventilador según temperatura).