Tendra apenas un impacto de 2-3% de reduccion de rendimiento cuando uses PCIE 2.0 en lugar de 3.0, y eso solo en juegos muy exigentes, en otros es infima la reduccion. Hace algun tiempo una WEB dedicada a los benchmarks hizo esta prueba con muchas tarjetas de video para PCIE 3.0 en dos tarjetas madre, una con PCIE 2.0 y otra con PCIE 3.0, usando el mismo procesador, cantidad de RAM y los mismos juegos.
En resumen, no te preocupes.
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