¿Como se reinstalan los programas en linux?

Hola muy buenas, es una duda que seguramente es simple de responder pero no encuentro bien la información referente a esto, y es que vereis, por error, borre la carpeta drive C: de wine, y pese a que la he restaurado, ya los programas que instale (que es para el Photoshop mayormente) no me funcionan, y si lo instalo, me da un error el mismo wine, y estoy seguro que lo mejor es reinstalarlo e instalar desde 0, pero no se como hacer eso, se desinstalarlo e instalarlo de manera con el gestor de software, pero las librerias no se borran consigo, o la manera de que este se vuelva a configurar.

¿Que tengo que hacer para desinstalar un programa completamente y volverlo a instalar para que se configure como la primera vez?, estoy haciendo de mientras las cosas con GIMP, pero el problema es que algunas cosas estan en psd y cuando lo habro con GIMP, las capas no van adecuadamente como las de texto que se convierten en imagenes, gracias de antemano