Mejor que TMPGEnc yo usaria virtualdub (si lo prefieres en castellano spanishdub o otro),mas que nada porque en el tmpgenc yo diria que hace falta recomprimir y solo puedes obtener un mpeg o dvd y con virtualdub si que puedes trabajar con divxs.
Para quitar la musica es abrir el video, poner en el menu video direct stream copy y en el menu audio no audio y guardar como.
Para ponerle otra musica (te puedes saltar el paso anterior me imagino) es poner el video en direct stream copy y el audio en wav audio y eliges el fichero, le das a full processing mode y eliges la compresion que quieras y luego lo guardas. No se si el audio ha tener la misma longitud que el video, pero parece que ha de estar en wav.
Saludos