Normalmente creo que los paquetes de icono suele venir asociado para que puedas automatizarlo con algún programa, por ejemplo el de TuneUp.
Sin embargo, hay otros programas, por ejemplo uno que se llama "IconPackager", hace tiempo que no lo uso, pero sino recuerdo mal, te bajabas un paquete de iconos y te venía un fichero asociado a este programa que con un doble click se enlazaban todos los iconos de ese tema en concreto a los programas correspondiente. Además, te dejaba cambiar icono de todo, pero eso, uno a uno.
Si tiene tu tema ningún archivo con alguna extensión que sea .ip (sino recuerdo mal esta era la extensión para IconPackager), pues automáticamente se te pondrán los iconos, sino, pues uno a uno.
saludos!
Edito:Las extensiones que soporta son .ip, .ipp, y .iptheme, espero que te venga algo de esto y no tengas que meter a mano cada icono ^^
