Muy buenas,
yo siempre que tengo que hacer cosillas de esas con los backup uso el Winrar. Empaqueto lo que necesite en ficheros del tamaño que yo quiera y listo. Da igual que empaquetes ficheros grandes o pequeños, el resultado es el mismo, unos cuantos ficheros del tamaño deseado que luego puedes desempaquetar y continuas con el contenido original sin problemas. Yo concretamente meto todo en una carpeta y la empaqueto. Pero, como bien dice Zam, es un proceso un poco lento, pero realmente funciona fenomenal.
Por otra parte, sobre el disco duro externo que tienes, si no estoy equivocado el problema de los HD multimedia es que para que funcionen las visualizaciones de videos e imagenes en los televisores, tienen que estar en fat32. Si lo pasas a NTFS perderas todas las opciones "multimedia" y solo lo podras usar como HD externo.