Prueba a ir desde el Windows 1, al administrador de discos, y quitarle la asignacion de unidad a la segunda unidad, y luego carga el Windows "2" y haces lo inverso... Igual funciona y todo...
Bueno en serio, eso dudo que funcione, pero si quieres arriesgarte, ahi tienes una idea

pero yo mismo tengo mis serias dudas (aunque me entra mucha curiosidad, un dia de estos lo probare
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)
Las particiones tipo FATxx (las NTFS no se si es posible) pueden ser ocultadas, pero cualquier soft de tratamiento de disco las revelaria claro, aunque imagino que te basta con que no salgan obvias como D: y tal... en todo caso, ocultarlas implicaria ir con una herramienta tipo Partition Magic, y hacer la ocultacion/desocultacion cada vez...
Bueno total que si quieres arriesgar prueba lo primero que te decia... y yo mejor dejo de postear sobre esto a las 5 de la mañana